Các mối đe dọa chính đối với Cầy vòi mốc là môi trường sống bị phá huỷ và săn bắn quá mức. Cầy cũng là một món ăn chính trong các nhà hàng thịt thú rừng ở Trung Quốc và Việt Nam.

Giống như nhiều loài cầy khác, Cầy vòi mốc sở hữu một tuyến mùi hương rất mạnh mà chúng sử dụng để đánh dấu lãnh thổ và ngăn chặn những kẻ săn mồi. Chất tạo mùi, còn gọi là “civetone”, được sử dụng như chất định hương.

Trong quá trình sản xuất kopi luwak – “cà phê chồn”, các cá thể cầy bị ép ăn hạt cà phê để sản xuất ra loại cà phê đắt đỏ và nhiều cá thể cầy đã bị chết vì bị ép ăn cà phê? Rất nhiều câu hỏi liên quan đến phúc lợi động vật được đưa ra để giúp nâng cao nhận thức cũng như khuyến khích mọi người ngưng sử dụng loại cà phê này.